Viện Kinh tế môi trường Đông Nam Á được phát triển chuyển tiếp từ Chương trình kinh tế và môi trường Đông Nam Á (EEPSEA). EEPSEA được thành lập từ năm 1993 bởi Trung tâm Phát triển quốc tế (IDRC) cùng với nguồn tài trợ từ Cơ quan Hợp tác phát triển quốc tế Thụy Điển (SIDA) và Cơ quan Phát triển quốc tế Canada (CIDA).

Năm 2012 chương trình được chuyển giao cho WorldFish, thành viên Hội đồng nhóm nghiên cứu nông nghiệp quốc tế (CGIAR). Trong suốt 23 năm vận hành, chương trình EEPSEA đã hỗ trợ đào tạo và nghiên cứu trong lĩnh vực kinh tế tài nguyên và môi trường để từ đó các nhà nghiên cứu có thể đưa ra các tư vấn hợp lý cho các nhà hoạch định chính sách.

Được thành lập vào tháng 4-2015, Viện Kinh tế môi trường Đông Nam Á tiếp nối truyền thống của EEPSEA và hoạt động như là một nền tảng ở khu vực ASEAN trong việc triển khai các nghiên cứu liên đa ngành để giải quyết các thách thức về môi trường toàn cầu. Viện đã phát triển thành một hệ thống gồm các tổ chức kinh tế và môi trường ở nhiều nước khác nhau trong khu vực, cùng nhau thực hiện nghiên cứu liên đa ngành để xác định các giá trị của môi trường cũng như tổ chức các khóa đào tạo sử dụng công cụ và kỹ thuật kinh tế trong phân tích các vấn đề liên quan đến môi trường.

Mục tiêu chính của viện là tổ chức thực hiện các nghiên cứu kinh tế môi trường và liên đa ngành để giải quyết các thách thức chung liên quan đến con người và môi trường ở Đông Nam Á; kết nối các nhà nghiên cứu từ các chuyên ngành khác nhau, các nhà quản lý và cộng đồng cùng hướng đến phát triển bền vững Đông Nam Á.

EEPSEA Partnership sẽ mở rộng các hoạt động của EEPSEA, sử dụng cách tiếp cận liên đa ngành để cung cấp các kết quả nghiên cứu thông qua các công bố quốc tế, để từ đó có thể gợi mở chính sách về biến đổi khí hậu, năng lượng và tài nguyên nước, các vấn đề liên quan đến đô thị như sức khỏe và ô nhiễm, các vấn đề liên quan đến đa dạng sinh học và cảnh quan biển, và suy thoái chất lượng đất...