Cụ thể, về cơ sở vật chất, thanh tra Bộ GD-ĐT thanh tra như việc sửa chữa cải tạo hàng loạt cơ sở vật chất của nhà trường, việc tăng kinh phí xây dựng và thay đổi thiết kế tòa nhà 12 tầng. 

Về tài chính, thanh tra việc công khai công tác thu, chi tài chính theo quy định; việc thu lại tiền công tác phí từ giảng viên đi đào tạo ngắn hạn tại Mỹ theo chương trình tiên tiến; việc nộp lại tiền lương của cán bộ giảng viên tham gia dự án Mutrap III do EU tài trợ và Chi phí cho Ban quản lý dự án Mutrap III; việc quản lý tiền luyện thi sau ĐH từ năm 2009 đến nay.

Về công tác tuyển sinh, đào tạo sẽ thanh tra việc chuyển đổi môn thi đầu vào tuyển sinh sau đại học; việc mở các lớp đào tạo, bồi dưỡng kiến thức giữa khoa Sau đại học và khoa Quốc tế.

Đặc biệt, về công tác tổ chức, Bộ thanh tra việc dân chủ trong quản lý điều hành nhà trường; về Hội đồng chức danh giáo sư cơ sở của trường liên quan đến ứng viên  PGS Đào Thị Thu Giang - phó Hiệu trưởng nhà trường; việc đi nước ngoài của Hiệu trưởng ĐH Ngoại thương trong thời gian từ tháng 2/2010 đến tháng 10/2012.

Được biết, trước đó nhiều báo chí đã đăng bài phản ánh những sai phạm nghiêm trọng trong nhiều lĩnh vực của trường ĐH Ngoại thương, ngày 30/1/2013, Phó Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc đã có chỉ đạo yêu cầu Bộ GD-ĐT phải kiểm tra những thông tin sai phạm đó, nếu đúng phải có biện pháp xử lý và Bộ GD-ĐT đã có quyết định thanh tra những sai phạm trên của Trường ĐH Ngoại thương.