Ngày 19/6/2013, Thanh tra Bộ GD-ĐT đã có Quyết định xử phạt vi phạm hành chính 190 triệu đồng đối với Trường Cao đẳng Asean với các vi phạmvới các lý do: Trường Cao đẳng Asean tổ chức tuyển sinh liên thông từ trung cấp lên cao đẳng chính quy năm 2012 vượt chỉ tiêu được giao 402,6% (chỉ tiêu được giao 600, trúng tuyển đã nhập học 2416 sinh viên);  tổ chức tuyển sinh trung cấp năm 2012 vượt chỉ tiêu được giao 164,3% (chỉ tiêu được giao 300, trúng tuyển đã nhập học 493 học sinh); Có 46/199 hồ sơ sinh viên đã kiểm tra hệ liên thông từ trung cấp lên cao đẳng trúng tuyển và nhập học năm 2012 của Trường Cao đẳng Asean sai đối tượng; mở lớp giảng dạy trình độ cao đẳng chính quy ngoài trụ sở chính của trường khi chưa được cơ quan có thẩm quyền cho phép; tổ chức hoạt động liên kết đào tạo không đảm bảo trình tự thủ tục theo quy định.

Thanh tra Bộ GD-ĐT buộc Trường Cao đẳng Asean phải chấm dứt mọi hoạt động tuyển sinh, đào tạo trái phép ngoài trường, rà soát lại đối tượng trúng tuyển, giải quyết hậu quả đối với số sinh viên đã theo hướng: Những sinh viên đã tuyển sai đối tượng thì phải buộc thôi học, trả lại các khoản tiền đã thu của người học và chịu mọi chi phí cho việc hoàn trả, giải quyết hậu quả (nếu có).

Những sinh viên đủ điều kiện trúng tuyển hệ chính quy theo quy định đối với các lớp đặt tại các địa điểm ngoài Trường phải chuyển về trụ sở của Trường Cao đẳng Asean (tại Văn Lâm, Hưng Yên) hoặc chuyển sang cơ sở đào tạo có đủ điều kiện (do Trường Cao đẳng Asean tự liên hệ, thỏa thuận) để tổ chức đào tạo theo quy định.

Trường Cao đẳng Asean phải nghiêm chỉnh chấp hành Quyết định xử phạt trong thời hạn mười ngày, kể từ ngày nhận được Quyết định xử phạt này. Quá thời hạn này nếu Trường cố tình không chấp hành Quyết định xử phạt thì bị cưỡng chế thi hành.

Đặc biệt, Bộ GD-ĐT quyết định dừng tuyển sinh năm 2013 đối với Trường Cao đẳng Asean, lý do: Trường Cao đẳng Asean đã vi phạm quy định tại Điều 5, Thông tư số 57/2011/TT-BGDĐT ngày 2/12/2011 của Bộ trưởng Bộ GD-ĐT quy định về xác định chỉ tiêu tuyển sinh trình độ tiến sĩ, thạc sĩ, đại học, cao đẳng và trung cấp chuyên nghiệp và vi phạm nghiêm trọng các quy định của pháp luật về giáo dục.

Đến năm 2014, nếu nguyên nhân dẫn đến việc dừng tuyển sinh được khắc phục và trường có hồ sơ đề nghị được tuyển sinh trở lại thì Bộ GD-ĐT sẽ xem xét, quyết định cho phép được tuyển sinh trở lại.