Do giải phóng mặt bằng chậm, việc đội vốn là điều khó tránh khỏi. Hiện nay ở một số địa phương, kinh phí GPMB thực tế tăng vượt tổng mức ban đầu được duyệt (bao gồm cả chi phí dự phòng).