Ngoài ra các địa phương cũng lập các đoàn thanh tra đảm bảo an toàn thực phẩm tại địa phương mình. Các đoàn sẽ tập trung thanh kiểm tra các cơ sở sản xuất, chế biến, kinh doanh, nhập khẩu thực phẩm, tập trung ưu tiên vào những cơ sở sản xuất, kinh doanh các mặt hàng thực phẩm được sử dụng nhiều trong dịp Tết Trung thu như bánh, mứt, kẹo, bia rượu, nước giải khát, thịt, sản phẩm từ thịt...,. Trong đó, các đoàn của trung ương và tuyến tỉnh tập trung thanh tra, kiểm tra những nơi cung cấp thực phẩm cung cấp với số lượng lớn, các cơ sở nhập khẩu thực phẩm, các chợ đầu mối, siêu thị, trung tâm thương mại. Đối với các cơ sở thực phẩm vừa và nhỏ, cơ sở kinh doanh dịch vụ ăn uống chủ yếu do các đoàn kiểm tra liên ngành của cấp huyện, xã thực hiện.

Trong quá trình kiểm tra, với những mẫu thực phẩm nghi ngờ phải lấy kiểm nghiệm. Ngoài ra, cũng tập trung kiểm tra đối với cơ sở thức ăn đường phố, tập trung các nội dung kiểm tra nguyên liệu; Kiểm tra dụng cụ ăn uống, chứa đựng thực phẩm; Kiểm tra nguồn nước phục vụ việc chế biến, kinh doanh; Kiểm tra điều kiện về sức khoẻ, kiến thức và thực hành của chủ cơ sở và người trực tiếp chế biến, kinh doanh thực phẩm…

Trong quá trình thanh tra, kiểm tra các đoàn thanh tra, kiểm tra phải kịp thời phát hiện, xử lý các vi phạm theo quy định của pháp luật, tuyệt đối không để thực phẩm không đảm bảo an toàn, không rõ nguồn gốc, không có nhãn hoặc có nhãn sai quy định hoặc chưa công bố tiêu chuẩn sản phẩm, công bố hợp hợp quy/phù hợp quy định ATTP (đối với những sản phẩm phải công bố tiêu chuẩn sản phẩm, công bố hợp hợp quy/phù hợp quy định ATTP) đã được phát hiện lưu thông trên thị trường.

Việc thanh kiểm tra sẽ bắt đầu từ ngày 31/8/2012 đến ngày 05/10/2012 trên toàn quốc.