Để đảm bảo nguồn nông sản sạch đưa ra thị trường, Ban quản lý các chợ đầu mối tăng cường kiểm soát an toàn thực phẩm, truy xuất nguồn gốc hàng hóa. Tuy nhiên, việc truy xuất nguồn gốc còn gặp khó khăn do sản xuất nông nghiệp nhỏ lẻ, thương nhân hoạt động theo kiểu truyền thống, hàng hóa không bao bì, nhãn mác.