Là một kiểu kiến trúc Phật giáo, chùa được tạo bởi công trình nghệ thuật bằng gỗ với các hoa văn, họa tiết đậm nét văn hóa phương Đông. Các nếp nhà được xây dựng hướng Đông theo bố cục mặt bằng gồm tam quan, chùa chính, điện Mẫu (thờ bà chúa Liễu Hạnh), nhà tăng, nhà phụ. Bao quanh kiến trúc là vườn cây cổ thụ tôn thêm vẻ đẹp và tạo sự u tịch, tĩnh lặng nơi cửa thiền, làm nên một tổng thể di tích văn hóa, nghệ thuật đặc sắc.
Trên nóc Chùa có ba chữ chiện đắp nổi “Vạn Niên Tự”. Hiện Chùa còn giữ bộ di vật cổ quý gồm: hơn 40 pho tượng tròn và 10 đạo sắc phong thần của thời Lê – Tây Sơn; có Bài ký trên Chuông đồng “Vạn Niên Tự Chuông” đúc vào thời Gia Long. Trải qua hơn 1000 năm lịch sử với những biến thiên của thời cuộc, Chùa đã nhiều lần được tu sửa, đặc biệt kể từ năm 1992 tới nay Chùa được trùng tu tôn tạo rất nhiều. Nhiều nhà sư danh tiếng của Việt Nam đã từng trụ trì ở đây như Lâm Tuệ Sinh, Lý Thảo Đường, Thích Viên Thành... hiện trọng trách này đang được giao cho Thượng Tọa Thích Minh Tuệ.
Năm 2010, nhân dịp đại lễ 1000 năm Thăng Long – Hà Nội, Chùa Vạn Niên làm lễ An Vị, khánh thành Điện Phật Ngọc. Tượng Phật được tác bằng khối ngọc tự nhiên quý hiếm từ Myanmar, có chiều cao 1.3m, nặng 600k. Một tượng phật linh thiêng có một không hai ở Việt Nam đã tăng thêm sự tôn nghiêm của ngôi Chùa cổ kính.
Chùa được Bộ Văn hóa – Thể thao và Du lịch xếp hạng là di tích nghệ thuật thuật Quốc gia từ năm 1996; nhiều năm qua, Chùa Vạn Niên luôn là điểm đến của khách thập phương, nơi tổ chức các hoạt động cộng đồng, các hoạt động từ thiện, đem lại sự tĩnh tại về tinh thần và giáo dục truyền thống lịch sử, văn hóa dân tộc cho các thế hệ.
Quyền Trung - Lê Quang Hưng