Trong đó, Thanh tra Chính phủ đã chỉ ra một số tồn tại, hạn chế trong quản lý, sử dụng vốn, tài sản như: một số công ty thành viên chưa ban hành quy chế quản lý, sử dụng tài sản; chưa xây dựng định mức dự trữ hàng tồn kho; lượng hàng tồn kho lớn gây ứ đọng vốn, ảnh hưởng tới hoạt động sản xuất kinh doanh; Chưa ban hành quy định về lựa chọn nhà thầu để áp dụng thống nhất trong các hoạt động bảo đảm tính liên tục cho sản xuất, kinh doanh thường xuyên của doanh nghiệp.
Một số chi phí không phù hợp với hoạt động kinh doanh, phải loại khỏi chi phí khi xác định giá trị tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp bổ sung hơn 38,5 tỷ đồng;
Công ty Thuốc lá Thăng Long giữ lại 73,072 tỷ đồng vốn bổ sung cho dự án đầu tư của 2 công ty thành viên (Thanh Hóa, Bắc Sơn) chưa phù hợp với Quyết định của Tổng công ty Thuốc lá Việt Nam.
Kết luận của TTCP cũng cho biết, trong đầu tư xây dựng, Tổng công ty Thuốc lá Việt Nam đã để xảy ra một số sai phạm trong việc thực hiện góp vốn dự án tại 152 Trần Phú, TP.HCM: không thực hiện đánh giá lại tài sản là không đúng quy định về quản lý tài sản doanh nghiệp Nhà nước; làm trái chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, vi phạm pháp luật về chuyển nhượng tài sản doanh nghiệp do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ khi chuyển nhượng 30.927,7 m2 tại 152 Trần Phú không xin phép Thủ tướng Chính phủ; không thực hiện đấu giá quyền sử dụng đất, có nguy cơ thất thoát tiền của Nhà nước, của doanh nghiệp;
Một số dự án đầu tư chậm tiến độ, thủ tục phải phê duyệt điều chỉnh nhiều lần ảnh hưởng đến hiệu quả sử dụng vốn và hiệu quả sản xuất kinh doanh như: Dự án đầu tư chiều sâu phân xưởng sợi; Dự án đầu tư thiết bị cho kho nguyên liệu và khó thành phẩm của Công ty Thuốc lá Sài Gòn; Dự án xây dựng trụ sở của Vinataba tại 30 Nguyễn Du, TP. Hà Nội.
Đáng chú ý, tại Dự án đầu tư di dời Công ty Thuốc lá Thăng Long, qua thanh tra, các cơ quan đã chỉ ra việc thực hiện dự án tại 235 Nguyễn Trãi, Thanh Xuân, Hà Nội đã có một số sai phạm, Dự án kéo dài ảnh hưởng đến tiến độ di rời nhà máy Thuốc lá Thăng Long, đến hiệu quả sử dụng vốn của Tổng công ty Thuốc lá.
Thanh tra nêu rõ, kể từ khi Thủ tướng Chính phủ cho phép thực hiện Dự án đến thời điểm hiện tại đã hơn 10 năm, nhiều cơ chế chính sách, pháp luật về đất đai, đầu tư, quản lý tài sản Nhà nước tại doanh nghiệp đã có sự thay đổi mà thực tế Dự án chưa được triển khai, cần phải báo cáo Thủ tướng Chính phủ trước khi tiếp tục thực hiện.
Nói thêm về khu đất 235 Nguyễn Trãi, đây là Nhà máy Công ty Thuốc lá Thăng Long, theo chủ trương thì phải di dời đi nơi khác, thế nhưng chậm trễ rất lâu rồi và thường xuyên bị phản ánh tình trạng gây ô nhiễm môi trường, gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến sức khỏe, đời sống người dân.
Liên quan đến các nội dung trên, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp chủ trì cùng Bộ Tài chính, UBND TP.HCM, Tổng công ty Thuốc lá Việt Nam và các bộ, ngành liên quan thu hồi cơ sở nhà đất 30.927,7 m2 tại 152 Trần Phú và xử lý các phát sinh trong quá trình thu hồi cơ sở nhà đất này. Trong quá trình thực hiện, nếu phát hiện dấu hiệu tội phạm hoặc đến ngày 31/12/2023 chưa thực hiện được việc thu hồi thì chuyển cơ quan Điều tra Bộ Công an để điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật.
Chỉ đạo xử lý, xem xét trách nhiệm và có hình thức kỷ luật theo quy định đối với các tổ chức, cá nhận đã để xảy ra những thiếu sót, vi phạm thuộc quyền quản lý đối với Hội đồng thành viên, Chủ tịch Hội đồng thành viên, Tổng giám đốc, Ban lãnh đạo Tổng công ty Thuốc lá Việt Nam; Hội đồng thành viên, Chủ tịch Hội đồng thành viên, Tổng giám đốc, ban lãnh đạo Công ty TNHH MTV Thuốc lá Sài Gòn, Công ty TNHH MTV Thuốc lá Thăng Long, Công ty TNHH HTV Thuốc lá Hải Phòng, Công ty TNHH MTV Viện thuốc lá; Giám đốc, Ban lãnh đạo Công ty Xuất nhập khâỉ thuốc lá, Công ty Thương mại Thuốc lá, Công ty Thương mại miền Nam; Người đại diện phần vốn Nhà nước tại Công ty cổ phần Ngân Sơn, Công ty cổ phần Hòa Việt; và các đơn vị, phòng ban, cá nhân liên quan.
Bình Nguyên