Ngay trước khi thông qua dự thảo Luật, các đại biểu đã đóng góp và cho ý kiến nhằm hoàn thiện các nội dung, quy định cụ thể. Các ý kiến đánh giá cao việc giải trình tiếp thu, chỉnh lý dự thảo Luật, song cũng có một số ý kiến góp ý đề nghị làm rõ hoặc quy định cụ thể hơn nội dung một số điều, khoản trong dự thảo Luật. 

Theo ông Phan Xuân Dũng, Chủ nhiệm Ủy ban Khoa học, Công nghệ và Môi trường của Quốc hội, trong số các hành vi bị cấm (Điều 13), có ý kiến đại biểu Quốc hội đề nghị trong điều kiện trang thiết bị phân tích của nước ta còn hạn chế thì chỉ nên quy định các cây giống kèm theo đất được nhập khẩu vào một số cửa khẩu nhất định, không nên quy định cấm đưa đất vào Việt Nam.

Tuy nhiên, Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho rằng, đất là vật thể có nguy cơ mang sinh vật gây hại cao, việc kiểm dịch và xử lý đối với đất phức tạp, đòi hỏi phải có máy móc, thiết bị có độ chính xác cao... Đối với nước ta, với đường biên giới dài, lượng hàng hóa thực vật trao đổi qua cửa khẩu chính thức lẫn đường mòn biên giới là rất lớn, vì thế việc kiểm soát thực vật mang theo đất là rất khó khăn.

Để bảo vệ sản xuất nông nghiệp trong nước, chúng ta đã có nhiều cố gắng trong công tác kiểm dịch thực vật, không cho phép các sản phẩm thực vật mang theo đất nhập vào. Vì vậy, dự thảo Luật quy định cấm đưa đất vào Việt Nam, trừ trường hợp được sự đồng ý bằng văn bản của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (như dùng để nghiên cứu khoa học, quà tặng mang tính chất ngoại giao….) là hợp lý.

Về đề nghị bổ sung nội dung không áp dụng hoặc cố tình áp dụng không đúng các biện pháp phòng, chống dịch để sinh vật gây hại lây lan gây hậu quả nghiêm trọng, ông Dũng cho biết, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã tiếp thu, thể hiện lại trong dự Luật.

Liên quan đến việc tiêu hủy thuốc bảo vệ thực vật, nhiều đại biểu Quốc hội đề nghị bổ sung quy định về kiểm tra chất lượng thuốc bảo vệ thực vật vô chủ trước khi tiêu hủy vì nhiều lô thuốc bảo vệ thực vật vô chủ vẫn còn hạn sử dụng, chất lượng vẫn còn tốt để tránh lãng phí nguồn kinh phí của UBND cấp tỉnh trong việc tiêu hủy lượng thuốc bảo vệ thực vật này.

Tuy nhiên, “trên thực tế thuốc bảo vệ thực vật vô chủ hiện nay chủ yếu là thuốc nhập lậu, không có nguồn gốc xuất xứ, thuốc giả... Nếu quy định trách nhiệm của cơ quan quản lý Nhà nước là phải kiểm tra chất lượng thuốc bảo vệ thực vật vô chủ trước khi tiêu hủy là không khả thi, vì cơ quan này không có đủ kinh phí, nhân lực và trang thiết bị để thực hiện. Do vậy, không bổ sung quy định nội dung này trong dự thảo Luật để bảo đảm tính nghiêm minh của pháp luật”, ông Dũng giải thích.

Theo báo cáo của Cục Bảo vệ thực vật, Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn, thuốc bảo vệ thực vật của Việt Nam chủ yếu là nhập khẩu với lượng sử dụng khoảng 70.000 tấn thuốc thành phẩm/năm; tổng doanh thu khoảng 1 tỷ USD. Tương ứng với lượng thuốc bảo vệ thực vật thành phẩm nói trên là lượng bao gói sau sử dụng khoảng 7.000 tấn/năm (khoảng 10% tổng lượng thuốc bảo vệ thực vật thành phẩm).

Với chi phí xử lý 25 triệu đồng/tấn thì tổng chi phí cho việc tiêu hủy ước tính là gần 200 tỷ đồng/năm. Như vậy, nếu quy định thuế bảo vệ thực vật trung bình khoảng 2% tổng doanh thu bán thuốc thì ngân sách nhà nước sẽ có đủ kinh phí thực hiện việc thu gom và tiêu hủy bao gói sau sử dụng.

Vì vậy, kinh phí thu gom và xử lý bao gói thuốc bảo vệ thực vật được quy định thuộc nhiệm vụ chi của ngân sách địa phương. Dự thảo Luật cũng đã bổ sung quy định nghĩa vụ của cơ sở sản xuất thuốc bảo vệ thực vật, nghĩa vụ của tổ chức, cá nhân buôn bán thuốc bảo vệ thực vật trong việc thực hiện quy định