Từ khi triển khai hệ thống thông quan điện tử VNACCS/VCIS, việc thông quan hàng hóa tự động theo phương pháp quản lý rủi ro tuy giúp tạo ra sự thông thoáng về thủ tục xuất nhập khẩu nhưng một số doanh nghiệp đã lợi dụng để buôn lậu, gian lận thương mại.